乃东区纪委监委组织机构包括：内设职能部门和直属单位。内设职能部门具体为：办公室（组织宣传室）、党风政风监督室、案件监督管理室（信访室）、监督检查室、审查调查室、案件审理室、纪检监察干部监督室（政治纪律监督检查室）、县委巡察工作领导小组办公室。
此外,设有纪检监察信息中心事业单位，无派驻机构。
乃东区纪委监委共设8个内设机构，内设机构分别为：
综合办公室（组织宣传室） 负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草区纪委监委有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况；负责机关后勤管理、服务工作，以及安全保卫工作；负责机关涉案款物保管；综合分析全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及重大课题调查研究等。负责纪检监察系统干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；负责区纪委监委机关各部门干部人事相关工作；负责纪检监察和巡察干部教育培训工作；负责离退休干部工作等；负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责机关的新闻事务和有关网络信息工作等。负责承办财务管理、国有资产管理和房管基建等工作。
党风政风监督室负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规以及区党委和市委、区委决定等情况的监督检查；综合协调贯彻落实中央八项规定及其实施细则精神和区党委实施办法、纠正“四风”工作；综合协调整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、党的问责等方面工作，推动管党治党政治责任落实；综合协调区纪委监委机关参与调查的事故、事件中涉及的监督对象违纪违法行为和需要问责情形的调查处理工作；综合分析党风政风监督工作情况，开展调查研究，提出工作建议；组织开展党风政风监督专项检查活动；指导乡镇党风政风监督工作。
案件监督管理室（信访室） 负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理巡察工作机构和审计机关、行政执法机关、司法机关等单位移交的相关问题线索，实行集中管理、动态更新、定期汇总核对，提出分办意见移交监督检查室；统一受理下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告，分送有关部门；归口管理审查调查工作中与有关部门的联系协调事项；对调查措施使用进行监督管理，监督检查纪检监察机关依纪依法安全办案情况；负责追逃防逃相关工作，建立健全追逃防逃协调机制。负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；归口受理对区委管理的党的组织和党员干部违反党纪、职务违法和职务犯罪行为等的信访举报，统一接收乡镇纪委报送的相关信访举报，分类摘要后将问题线索类信访举报移交监督检查室；受理党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
监督检查室 主要履行依纪依法监督的职责。监督检查联系的乡镇和区管理的干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规以及区党委和市委、区委的决定，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查联系乡镇落实管党治党主体责任的情况；向监察对象所在单位提出监察建议；综合分析研判问题线索，对适用“四种形态”中第一种、第二种形态的，按程序提出处置意见；对适用第三种、第四种形态的，按程序移交审查调查室；综合、协调、指导联系乡镇的纪检监察工作等。
审查调查室主要履行执纪审查和依法调查处置的职责。承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议；向监察对象所在单位提出监察建议。
案件审理室负责审理区纪委监委直接审查调查和乡科级党的组织（除市管干部）、纪检监察机关报批或者备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件，严格依规依纪依法提出处理或者处分意见；承办党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件，以及其他需要由区纪委监委办理的申诉、复核案件等。
纪检监察干部监督室(政治纪律监督检查室) 负责监督检查纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规以及区党委和市委、区委决定等方面的情况；受理对区纪委监委机关各部门干部、乡镇纪委干部，涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。主要履行依纪依法监督的职责。监督检查全区干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规以及区党委和市委、区委决定，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查各级党组织落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促乡（镇）纪委落实纪检、监察责任，实施问责；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行。检查党组织和党员、公职人员遵守和执行政治纪律特别是反分裂斗争纪律情况；负责管理和处置党员、公职人员涉嫌违反政治纪律的问题线索；检查各党组织和纪检监察机关对党员、公职人员违反政治纪律问题的查处工作；综合分析党组织和党员、公职人员执行政治纪律和政治规矩情况，开展调查研究并提出工作建议等。
